Die Mikrowellentherapie bewirkt eine lokale vermehrte Durchblutung und Verbesserung der Beweglichkeit. Die Stoffwechselvorgänge im Gewebe werden gesteigert und die Musklespannung deutlich reduziert. Anders als beim Fango kommt es hier besonders in der Tiefe der Gewebeschichten zu einer Durchblutungssteigerung.
Häufig wird die Mikrowellentherapie mit anderen Verfahren kombiniert.